Sau khi bình an trở về từ vũ trụ, Đình Thụ chia tay Rayquaza, trực tiếp cùng Wallace đến thành phố Mossdeep. Lần này Đình Thụ ngoài việc giải quyết khủng hoảng thiên thạch, thu phục Deoxys, còn mang về một cơ hội rất quan trọng đối với nhân loại.Sau khi đến Trung tâm Vũ trụ thành phố Mossdeep, Đình…