Sau khi xác định quan hệ bắt tay với Deoxys, phe phái Devon liền bắt đầu bí mật chuẩn bị chiến đấu.Ngoài ra, trong thời gian này, vì thiên thạch bị phá hủy một cách kỳ dị, hệ thống mạng của Trung tâm Vũ trụ thành phố Mossdeep đã phải hứng chịu nhiều cuộc xâm nhập. Vô số thế lực muốn tìm ra sự thật…